Historie muzea
Současné Muzeum Vysočiny Pelhřimov má za sebou bohatou historii, stejně tak i objekty, ve kterých se nachází.
Počátky vlastivědy na Pelhřimovsku se datují do poslední třetiny 19. století. Prvním hmatatelným dokladem byly historické práce ředitele pelhřimovského gymnázia Václava Petrů. Na ně navazovaly spisy národohospodářské, uměleckohistorické a národopisné. Sběratelská činnost se rozvíjela v 90. letech, kdy nashromáždil cenný etnografický a folkloristický materiál Vladimír Charvát a publikoval jej v knize Z českého jihu v roce 1898. Počátkem 20. století přispívala do stejnojmenného časopisu Anna Šebestová-Ledecká, organizátorka pelhřimovských vystavovatelů na Národopisné výstavě roku 1895.
V oblasti muzejnictví Pelhřimov následoval nedaleké okolí, jelikož v tuto dobu již existovaly sbírkotvorné instituce v Havlíčkově Brodě (1875), Táboře (1878), Jindřichově Hradci (1884), Počátkách (1893), Humpolci (1895) či Soběslavi (1898). Návrh na založení muzejního spolku a muzea v Pelhřimově, podaný Václavem Petrů, schválilo pelhřimovské obecní zastupitelstvo dne 11. září 1901. Základem muzejního fondu, který muzejní spolek spravoval a rozšiřoval, se stal materiál z Národopisné výstavy v roce 1895 a sbírka starožitností architekta Rožánka z Nových Dvorů. Koncem roku 1907 byl z podnětu RNDr. Jana Frieda, Karla Juna a JUDr. Antonína Linharta muzejní spolek reorganizován a následujícího roku byla ve třech místnostech bývalého zámku pánů z Říčan zpřístupněna první stálá expozice pelhřimovského muzea. Členové muzejního spolku se soustředili především na činnost sbírkotvornou a publikační. Nejvýznamnějšími vydavatelskými počiny spolku bylo vydání monografie „Pelhřimov“ autorů Karla Polesného a Zdeňka Wirtha a prvních dílů „Dějin královského města Pelhřimova a jeho okolí“ od Josefa Dobiáše. Vlastivědné a historické příspěvky otiskoval též Týdeník z Českomoravské vysočiny, který začal vycházet v roce 1919. Jen o rok mladší byl vlastivědný měsíčník Vlastivědný sborník českého jihovýchodu. Dr. Fried vedl veškerou muzejní agendu až do zániku muzejního spolku v roce 1951. Pravděpodobně k 1. lednu 1954 došlo k převzetí muzea do státní správy. Muzeum dostalo oficiální název Okresní vlastivědné muzeum v Pelhřimově a bylo řízeno Okresním národním výborem v Pelhřimově.
Do roku 1960 podléhalo pelhřimovské muzeum metodickému řízení Krajského muzea v Jihlavě. Po reorganizaci státní správy a zrušení Jihlavského kraje přešlo muzeum pod metodickou správu Jihočeského muzea v Českých Budějovicích. V souvislosti s novým ideovým pojetím muzejní práce a zejména prezentace sbírek byl už od roku 1949 vznášen na pelhřimovské muzeum požadavek na přebudování stálých expozic. S dílčími úpravami (v roce 1967 byla otevřena síň „grafika“ typografa Oldřicha Menharta a o rok později „síň pelhřimovských literátů“) přetrvala původní stálá expozice až do roku 1977. V letech 1978-1981 se připravovalo otevření nové expozice v budově bývalého zámku pánů z Říčan s názvem „Vítěznou cestou KSČ“. Tato expozice byla na počátku roku 1990 zrušena z důvodu nedostatku relevantních dokumentů, odpovídajících objektivní skutečnosti. Ve Šrejnarovském domě (Masarykovo náměstí č.p. 10) byla zpřístupněna v roce 1985 druhá část stálé expozice, zaměřená na historii pelhřimovského regionu.
V roce 1991 muzeum oslavilo 90. výročí založení otevřením nové stálé expozice v zámku Říčanských, která připomíná významné osobnosti Pelhřimovska a také ve větší míře představuje sbírkový fond z depozitářů muzea. O dva roky později byla reinstalována též stálá expozice ve Šrejnarovském domě. V roce 2004 byla veřejnosti zpřístupněna historická budova šatlavy, expozici tvoří mučírna, cela a vězeňská kaple sv. Kříže. O rok později vznikla v zámku pánů z Říčan expozice věnovaná Josefu a Zdeňku Šejnostovým a jejich sochařskému a medailérskému dílu. Tato expozice společně s později vybudovanou částí, věnovanou měšťanskému bydlení, nahradila předchozí z roku 1991. K roku 2004 byla zrušena expozice ve Šrejnarovském domě, prostory ještě nějakou dobu sloužily výstavním účelům a v roce 2014 byla budova zcela vyklizena a vrácena městu Pelhřimov.
Počátkem roku 2003 se z bývalého Okresního muzea Pelhřimov stala, v důsledku změny územně správních celků, příspěvková organizace zřizovaná krajem Vysočina s názvem Muzeum Vysočiny Pelhřimov. V souvislosti s těmito změnami došlo k reorganizaci ve vedení muzea i v jeho struktuře. K další větší změně došlo roku 2011, kdy se pod správu muzea dostal hrad Kámen a stal se jeho pobočkou. Nejnovějším objektem spravovaným muzeem je kaple Panny Marie Bolestné v Kámeně, kterou kraj Vysočina získal v roce 2017.